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文檔簡介
1、虛擬細胞是在計算機上模擬真實細胞的結構、物質組成、生命活動的動力學行為和生命現(xiàn)象。虛擬細胞的發(fā)展雖然只有十幾年的歷史,但是它對疾病防治、科學研究、社會生活等方面的影響已經(jīng)開始顯露。作為虛擬細胞核心部分的化學反應定量計算,其速度與精度直接影響著模擬效果的好壞。
本文的前面詳細的討論了虛擬細胞中化學反應定量計算的確定型算法和隨機型算法。傳統(tǒng)的確定型算法是單純地應用質量作用定律計算化學反應的速度,經(jīng)過我們改進后的確定型算法還可以通過
2、選擇不同參數(shù),用米氏方程、原鹽效應方程等適用于特定條件下公式來進行運算,增加了計算的精度。并在反應物的數(shù)量不足時,進行了按反應速度進行分配的策略,而不是簡單地把反應物數(shù)量不足的化學反應通道關閉。由于隨機型算法對隨機數(shù)產(chǎn)生器有較大的依賴,在論述隨機型算法時介紹了隨機型算法中用到各種隨機數(shù)產(chǎn)生器的實現(xiàn)方法。非精確隨機型算法有其苛刻的適用條件。傳統(tǒng)的非精確隨機型算法在計算τ值時,只給出了τ值的上限。當計算出的τ值較小時,非精確隨機型算法的速度
3、會很慢,甚至出現(xiàn)誤差。本文提出了對非精確算法的改進,給出了非精確隨機算法τ值的下限公式,并對其越下限情況作出了處理。
由于確定型算法計算速度快但精度不高且只適用于濃度較高的化學反應的計算,而隨機型算法雖然計算精度高但速度慢,對于一個大型復雜的系統(tǒng)需要綜合確定型算法和隨機型算法來分別發(fā)揮他們的優(yōu)勢?;旌闲退惴ㄕ窃谶@樣的思路下被提出的。但是由于隨著化學反應的進行,系統(tǒng)狀態(tài)發(fā)生改變使靜態(tài)分組混合型算法最初對化學反應通道的分組不能適
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