應用蛋白指紋圖譜技術對結直腸癌血清蛋白質組的研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、目的:研討結直腸癌患者和健康受試者血清蛋白質指紋圖譜波峰的不同之處,進而分析二者差異性表達的血清蛋白分子及其含量。從中篩選顯著差異性結直腸癌血清相關蛋白,建立蛋白質數據庫,構建結直腸癌診斷模型,為早期診斷結直腸癌提供一種有效的方法。
   方法:運用蛋白質指紋圖譜技術(SELDI-TOF-MS)分析結直腸癌及健康受試者血清樣本,采用IMAC3(Immobilized Metal Affinity Capture,金屬親和表面)芯

2、片。收集2010年5月~2011年5月南昌大學第二附屬醫(yī)院胃腸外科住院結直腸癌患者清晨空腹靜脈血,均經內鏡或手術組織病理確診,未經放化療及其他治療手段干預,共134例,平均年齡53歲,男性為76例,女性為58例;健康受試者:共87例健康查體者,收集于本院健康體檢中心,平均年齡為49歲,男性52例,女性35例,血樣均取自患者清晨空腹狀態(tài),無影響血清中蛋白質含量的其他相關疾病。分為訓練集:74例結直腸癌患者[Dukes'A(n=8)、Duk

3、es'B(n=18)、Dukes'C(n=31)、Dukes'D(n=17)]、48例健康受試者;驗證集:60例結直腸癌患者[Dukes'A(n=7)、Dukes'B(n=24)、Dukes'C(n=17)、Dukes'D(n=12)]、39名健康受試者。應用SELDI-TOF-MS檢測混合對照血清,利用蛋白質指紋圖譜相關軟件對獲得的混合對照血清圖譜進行分析并計算其差異性,為變異系數(CV)值,設CV<15%。運用病例對照研究,利用蛋白

4、質指紋讀取儀PBSⅡ-C分析訓練集的血清蛋白樣本,獲得訓練集中對比研究的樣本的蛋白質分子含量。應用Biomarker Wizard軟件對Protein Chip software處理后得到蛋白質分子量、M/Z、含量等數據用方差檢驗進行統(tǒng)計學分析,計算均值、p值、SD。Biomarker Pattem軟件利用Biomarker Wizard軟件分析的數據采用決策樹模型進行數據挖掘,篩選出早期診斷結直腸癌的特異生物標記物,構建結直腸癌診斷模

5、型。之后用構建的診斷模型,利用驗證集的血清樣本,進行盲法試驗,以此來檢查模型的效度。
   結果:分析混合對照血清蛋白質譜圖,CV值為12.20%<15%,重復性良好、芯片不同的實驗誤差可接受,M/Z2000以下的峰濾去,避免可能的干擾峰出現(xiàn)。運用SELDI軟件程序,在M/Z2000-M/Z50000之間共檢測到216個蛋白質波峰。對比結直腸癌患者和健康受試者蛋白質波峰,發(fā)現(xiàn)78個蛋白質波峰存在差異性,在結直腸癌患者血清樣本中有

6、26個蛋白質波峰下調,52個上調。在78個存在差異性的蛋白質波峰中,篩選出12個蛋白質波峰:M/Z8132、M/Z4002、M/Z4070、M/Z8351、M/Z6341、M/Z4472、M/Z8446、M/Z11092、M/Z4875、M/Z7571、M/Z4435、M/Z5994(P<0.001),具有統(tǒng)計學意義,構建決策樹分析診斷模型。其中以M/Z8132、M/Z4002具有最佳結果,對結直腸癌患者和健康受試者具有鑒別意義。此診斷

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