1、人類對玉米的馴化從10000年前農業(yè)文明起源的時候就開始了，而對于玉米祖先的爭論也一直持續(xù)了很多年。近些年研究者對一些近源物種染色體形態(tài)數量、葉綠體、核糖體、同工酶及相關分子遺傳學的研究表明大芻草中的Z.m.ssp。parviglumis就是玉米的祖先。本研究利用RNA-Seq技術，對大芻草的轉錄組進行了De novo的拼接，并對拼接得到的轉錄本序列進行了分析研究，包括對基因表達量的統(tǒng)計，與玉米B73以及其他三種單子葉植物的轉錄本或蛋白

2、序列進行了比較，通過GO、KEGG、KOG、UniPort等數據庫進行了簡單的功能注釋。
　　 本研究以6種大芻草的苗期樣本為研究材料，利用solexa測序技術對其進行了RNA-Seq測序。我們首先對測序得到的序列進行了質量控制，最終保留了原始序列的77%。在確保得到了高質量的數據后，利用Trinity和TGICL軟件進行了De novo的拼接，共得到了58147條大芻草轉錄本，它們的平均長度為1335bp，比B73轉錄本普遍偏

3、短，所有的后續(xù)分析研究都基于此拼接結果。在用RT-PCR進行了序列驗證后我們較為確信了拼接的準確性。接著我們采用了BLAST和BLAT兩款軟件將大芻草的轉錄本和玉米B73、高粱、短柄草和水稻進行了比較，發(fā)現了其中的高度同源序列，然后采用了RPKM值對大芻草轉錄本的表達量進行了估計。在對轉錄本的注釋過程中，我們采用了幾個常用的功能注釋數據庫，其中UniProt數據庫的注釋較為全面。
　　 本研究中對于大芻草轉錄組的研究，對大芻草和