1、近些年，下一代測序技術(shù)獲得了突飛猛進(jìn)的發(fā)展，由此產(chǎn)生了越來越多的測序數(shù)據(jù)。如何處理這些測試數(shù)據(jù)一直以來都是生物信息學(xué)領(lǐng)域的一項(xiàng)重要研究內(nèi)容，下一代測序技術(shù)應(yīng)用到轉(zhuǎn)錄組研究領(lǐng)域產(chǎn)生了高通量轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)，簡稱為RNA-seq技術(shù)。RNA-seq數(shù)據(jù)分析軟件的一項(xiàng)重要功能便是重構(gòu)剪接之前的mRNA在細(xì)胞中的形態(tài)，此外，還應(yīng)該能夠評估每種剪接異構(gòu)體的表達(dá)水平。但是，所有分析過程的第一步都是要把從RNA-seq中得到的測序片段比對到相應(yīng)的參考序

2、列上。因?yàn)閮?nèi)含子序列在DNA轉(zhuǎn)錄為成熟mRNA時會被剪切除去，所以與傳統(tǒng)的序列比對問題相比，轉(zhuǎn)錄組序列比對有其固有的特殊之處，即需要將測序得到的序列分段比對到不同的外顯子序列上，因此需要設(shè)計專門針對RNA-seq的序列比對算法?，F(xiàn)有的RNA-seq序列比對算法基本上都是依賴于經(jīng)典的剪接位點(diǎn)信號，而許多非經(jīng)典的剪接信號位點(diǎn)具有重要的生物學(xué)功能，如GT-TG與人類腺苷酸環(huán)化酶刺激蛋白Gαs的形成有關(guān)。為此，筆者設(shè)計了兩個新的RNA-seq序

3、列比對算法，用來發(fā)現(xiàn)多種類型的剪接位點(diǎn)。
　　(1)獨(dú)立于剪接位點(diǎn)信號的轉(zhuǎn)錄組序列比對算法
　　首先筆者設(shè)計了一種采用重疊種子內(nèi)部擴(kuò)展策略的RNA-seq序列比對算法，命名為RNAMap。種子序列的重疊性能夠保證由種子的比對信息能夠組合出完整測序序列的定位信息。在掃描基因組時，RNAMap建立一個靜態(tài)表和一個動態(tài)表來索引種子序列及其比對信息，尋找左右錨點(diǎn)序列之間的剪接位點(diǎn)，此時并不受經(jīng)典剪接位點(diǎn)信號的限制。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，對于

4、含有多種類型的剪接位點(diǎn)的數(shù)據(jù)集，RNAMap的召回率和精確度分別達(dá)到了92.53％和97.01％，優(yōu)于其它的轉(zhuǎn)錄組序列比對工具。
　　(2)轉(zhuǎn)錄組序列比對算法改進(jìn)
　　之后又設(shè)計了一種采用非重疊種子之間擴(kuò)展策略的RNA-seq序列比對算法，命名為RNAMap2。該算法通過減少種子的數(shù)量來降低計算量，然后利用測序深度，即測序序列的重復(fù)性來進(jìn)行比對。這在一定程度上彌補(bǔ)了RNAMap在運(yùn)行速度方面的不足。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，在測序序列的