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文檔簡(jiǎn)介
1、纖維素作為世界上最為豐富的可再生資源,將纖維素轉(zhuǎn)化為能源一直為人們所關(guān)注。但受到纖維素酶活低、成本高等因素的限制,纖維素酶的工業(yè)化應(yīng)用和生產(chǎn)受到制約。尋找到新的纖維素高效降解菌、獲得高產(chǎn)量的纖維素酶資源以及提高纖維素酶的效率越來越引起了人們的重視。隨著昆蟲腸道纖維素降解微生物的研究深入,發(fā)現(xiàn)昆蟲腸道微生物可作為豐富的纖維素降解菌株、基因、酶資源庫(kù)。本文以寄生在竹腔體內(nèi)的竹蟲(Omphisa fuscidentalis Hampson)為
2、研究對(duì)象,對(duì)其腸道微生物進(jìn)行高通量測(cè)序,并對(duì)其腸道微生物進(jìn)行分離、篩選、鑒定,以獲得纖維素降解菌株相關(guān)資源。主要結(jié)論如下:
(1)竹蟲腸道微生物高通量測(cè)序結(jié)果顯示,竹蟲腸道細(xì)菌在門水平上主要分布于變形菌門、擬桿菌門、厚壁菌門,在屬水平上分布于Commensalibacter屬、Dysgonomonas屬、不動(dòng)桿屬等10個(gè)屬。竹蟲腸道真菌在門水平上主要以子囊菌門(Ascomycota,98.06%)占絕對(duì)優(yōu)勢(shì),在屬水平上分布于P
3、haeoacremonium屬、Ophiosphaerella屬、支頂孢屬和漆斑菌屬。通過多樣性分析發(fā)現(xiàn)竹蟲腸道內(nèi)具有豐富的潛在纖維素降解微生物資源。
(2)完成了竹蟲腸道微生物的宏基因組測(cè)序,通過與數(shù)據(jù)庫(kù)KEGG、eggNOG和CAZy的比對(duì)注釋,得到竹蟲腸道微生物代謝相關(guān)基因與碳水化合物酶編碼基因數(shù)據(jù)。經(jīng)分析發(fā)現(xiàn)竹蟲腸道微生物具有的344個(gè)糖苷水解酶編碼基因來自56個(gè)不同的家族,與大熊貓、塔馬爾沙袋鼠、食木高等白蟻腸道微生
4、物和牛瘤胃微生物宏基因組測(cè)序樣品比較發(fā)現(xiàn),竹蟲腸道微生物有13個(gè)特異GH家族基因,并具有豐富的半纖維素酶和低聚糖降解酶編碼基因。
(3)從竹蟲腸道內(nèi)以CMC為唯一碳源作為篩選壓力,篩選得到54株纖維素降解菌株,并對(duì)纖維素降解菌株降解能力較強(qiáng)菌株10株,編號(hào)為C-41,C-25,C-24,C-17,C-13,C-5,W-26,W-17,W-9,W-3,通過DNS顯色法測(cè)定其CMC酶活、微晶纖維素酶活、纖維二糖酶活以了解菌株纖維素
5、降解能力。通過對(duì)分離菌株構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹發(fā)現(xiàn),其主要來自于變形菌門、擬桿菌門、厚壁菌門,這與高通量測(cè)序結(jié)果保持一致。
(4)從竹蟲腸道篩選獲得1株新菌BRTC-1,通過16S rRNA基因、rpoB基因和gyrB等基因序列比對(duì),GenBank登錄號(hào)分別為KU560468.2、KU837228、KU981067。結(jié)合一系列多相分類學(xué)鑒定,鑒定菌株BRTC-1為Acinetobacter屬新種,命名為Acinetobacter la
6、rvae,模式菌株為BRTC-1T,分別保藏在中國(guó)農(nóng)業(yè)微生物菌種保藏管理中心(保藏號(hào)ACCC19936T)和日本微生物保藏中心(保藏號(hào)JCM31367T)。
(5)通過PacBio三代測(cè)序技術(shù)完成了菌株Acinetobacter larvae BRTC-1T的全基因測(cè)序(NCBI登錄號(hào):CP016895.1),質(zhì)粒pRW1和pRW2登錄號(hào)分別為CP018141.1和CP018142.1。Acinetobacter larvae
7、 BRTC-1T的全基因組大小為3,741,098 bp, GC含量為41.64%。蛋白編碼基因數(shù)目為3,325個(gè),55個(gè)假想未鑒定基因,非編碼RNA基因總共102個(gè)。質(zhì)粒pRW1和pRW2序列大小分別為12170 bp和8,455 bp,GC含量分別為33.86%和34.54%。通過數(shù)據(jù)庫(kù)注釋結(jié)果表明,其基因組中含有54個(gè)纖維素降解相關(guān)的碳水化合物基因,包括14個(gè)GHs基因,23個(gè)GTs基因,5個(gè)CEs基因,2個(gè)AAs基因和10個(gè)CB
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