高等植物液泡加工酶VPE家族的生物信息學分析及驗證.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、本文以水稻和擬南芥液泡加工酶(VPE)家族為研究對象,對所有VPE成員進行了初步的生物信息學分析,并且進一步對部分VPE成員在細胞程序性死亡PCD過程中發(fā)揮的作用進行了實驗驗證,主要內容如下:
   1.高等植物液泡加工酶VPE家族的生物信息學分析
   利用已知的植物液泡加工酶(vacuolar processing enzyme,VPE)蛋白家族的Peptidase_C13結構域序列為檢索序列,對擬南芥和水稻中的VP

2、E家族成員進行序列分析,同時利用所有成員的氨基酸序列構建系統(tǒng)發(fā)生樹,并對其中的保守序列以及信號肽區(qū)段和亞細胞定位進行了分析。結果表明:1)結合同源序列的搜索和結構域的鑒定,最終在擬南芥和水稻中分別確定了8個和13個VPEs,其中2個擬南芥和11個水稻VPE成員為本文首次報道;2)蛋白系統(tǒng)發(fā)生分析表明,該基因家族的基本特征在擬南芥和水稻物種分離之前就已經形成;3)多序列聯配以及MEME分析表明,Peptidase_C13結構域在VPE家族

3、成員間高度保守。4)亞細胞定位分析表明,VPE成員定位于細胞中的不同區(qū)域,定位于液泡中的占多數.
   2.鹽脅迫誘導水稻根尖細胞PCD過程中VPE轉錄水平變化
   在上述基礎上本文進一步研究了鹽脅迫誘導水稻根尖細胞PCD過程中,水稻VPE家族兩個成員OsVPE1和OsVPE8轉錄水平的差異。結果表明,500mMNaCl誘導水稻根尖細胞PCD發(fā)生過程中,OsVPE1和OsVPE8基因轉錄水平顯著升高,提示液泡加工酶可能

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