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文檔簡介
1、腦膠質瘤是最常見的顱內原發(fā)性腫瘤,約占顱內腫瘤的50%-60%。腫瘤具有浸潤性生長、易復發(fā)、侵襲性強、血管豐富等惡性生物學特征,患者預后較差,平均生存期較短。隨著表觀遺傳學和分子遺傳學的不斷發(fā)展,大量研究從分子水平和細胞水平揭示膠質瘤進展的機制。MicroRNAs(miRNAs)是一類內源性非編碼小RNA(約22nt),通過與靶基因非完全互補結合,在轉錄后水平負性調控靶基因的表達。包括腦膠質瘤在內的許多腫瘤中,都觀察到miRNA的表達異
2、常,并影響細胞的增殖、凋亡、侵襲、血管生成等重要的生物學過程。目前大量的研究集中在膠質瘤進展過程中miRNA的異常及其發(fā)揮的作用,對級別特異的miRNA表達譜研究較少。本研究采用miRNA芯片技術,通過對比腫瘤及配對的瘤周組織,篩選出不同級別腦膠質瘤中差異miRNA分子的表達譜,為尋找腦膠質瘤發(fā)生發(fā)展中發(fā)揮重要作用及不同級別間特異的miRNA分子提供參考。異檸檬酸脫氫酶1(Isocitrate dehydrogenases1,IDH1)
3、突變和MGMT基因啟動子甲基化在膠質瘤中普遍存在,和患者預后關系密切。有研究報道:IDH1基因突變的膠質瘤細胞的組蛋白甲基化程度更高;IDH1和MGMT聯(lián)合能更好的預測膠質瘤患者預后。IDH1和MGMT在腦膠質瘤的進展過程中是否受miRNA調控從而形成內在關聯(lián)。進一步探討二者之間的關聯(lián)性及其可能的機制,將為膠質瘤患者的診治提供更多理論依據(jù)。
實驗方法:
第一部分:收集臨床腦膠質瘤標本,提取組織總RNA,利用miRNA
4、芯片篩選出腦膠質瘤和配對瘤周組織中差異表達的miRNA分子。qRT-PCR驗證miRNA芯片結果的可靠性。生物信息學軟件預測這些miRNA潛在的靶基因。
第二部分:直接測序法檢測腦膠質瘤樣本中IDH1突變情況。
第三部分:nMSP法和MSP-DHPLC法檢測膠質瘤組織中MGMT基因突變的情況。
第四部分:卡方檢驗分析IDH1基因突變和MGMT基因啟動子甲基化的關聯(lián)性。
結果:
1.腦膠質
5、瘤中差異miRNA的表達譜分析
(1) MiRNA芯片技術是一種高效可靠的高通量分析腦膠質瘤差異miRNA表達譜的方法
(2)通過9例膠質瘤組織和與之配對的瘤周組織對比,利用miRNA芯片分析了1926個miRNA分子。共篩選出13個具有明顯差異表達的miRNA分子,其中表達水平上調的miRNA分子12個,表達水平下調的1個。
(3)在WHOⅡ、WHOⅢ、WHOⅣ級腦膠質瘤中分別有8、9、15個miRNA分
6、子表達異常。
(4)首次發(fā)現(xiàn)miR-4489在腦膠質瘤中低表達,miR-4489可能在腫瘤進展中發(fā)揮重要作用。
(5)腦膠質瘤發(fā)展過程中,miR-106b-25 cluster可能作為miR-17-92 cluster的輔助,提高腫瘤的惡性程度。
(6)利用生物信息學軟件對13個差異表達的miRNA分子的靶基因進行預測,共找到926個潛在的靶基因。這些基因主要富集在與神經(jīng)系統(tǒng)和腫瘤相關的生物學過程和信號通路
7、上。
2.腦膠質瘤中IDH1基因突變檢測與分析
(1)46.62%(62/133)的膠質瘤患者檢測出IDH1基因突變。突變主要發(fā)生于WHOⅡ級、WHOⅢ級膠質瘤和繼發(fā)性膠質母細胞瘤。
(2)膠質瘤患者IDH1突變和患者年齡顯著相關(p=0.001),兩者的相關度為R=0.296。
3.腦膠質瘤中MGMT基因啟動子甲基化表達研究
(1)經(jīng)nMSP法檢測,66.33%(65/98)的腦膠質瘤
8、組織中發(fā)生MGMT基因啟動子甲基化。經(jīng)MSP-DHPLC法檢測,65.71%(23/35)的腦膠質瘤組織中發(fā)生MGMT基因啟動子甲基化。
(2)四格表X檢驗比較nMSP和MSP-DHPLC法檢出率的一致性,兩種方法檢出率差異無統(tǒng)計學意義(X2=0.004,P=0.948)。
(3) Spearman等級相關分析提示:MGMT啟動子甲基化和腦膠質瘤病理級別的相關性不顯著(p>0.05),與患者年齡也無明顯相關性(p=0
9、.654)
4.IDH1突變與MGMT基因啟動子甲基化關聯(lián)性分析:
(1)X檢驗進行關聯(lián)度分析提示:IDH1突變與MGMT基因啟動子甲基化關聯(lián)顯著(X2=6.57,P=0.01),列聯(lián)系數(shù)C=0.217,二者低度相關。
(2)926個潛在的靶基因中,不包括MGMT和IDH1。提示篩選出的13個差異表達的miRNA不直接調控MGMT和IDH1的表達。
結論:
綜上所述,本文研究表明:1.M
10、iRNA芯片技術是腦膠質瘤中尋找分子標記的可靠方法。2.利用miRNA芯片篩選出不同級別腦膠質瘤中差異miRNA的表達譜,為進一步尋找級別特異和腫瘤惡性進展中重要的miRNA提供了重要參考。3.本研究首次發(fā)現(xiàn)miR-4489在腦膠質瘤中低表達,其在腫瘤中的作用有待進一步研究。4.IDH1突變和MGMT啟動子甲基化存在著關聯(lián)性,二者在腫瘤發(fā)生發(fā)展過程中可能存在調控關系。5.篩選出的miRNA并不直接調控MGMT和IDH1基因,這些miRN
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