基于序列特征的水平轉移基因分析方法研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、序列統(tǒng)計特征是指運用數(shù)學和信息科學理論的方法,從錯綜復雜的基因組序列中,提取一些體現(xiàn)其本質的具有代表性的特征,如核酸統(tǒng)計特征等。本文研究了BBC、DRA、WF等序列統(tǒng)計特征,對它們的物種差異性進行了分析,發(fā)現(xiàn)提取的序列特征都具有一定的物種特異性,且BBC特征的物種特異性相對于其他特征更為明顯,對物種的區(qū)分能力更高,可以用于水平轉移基因搜索的嘗試。 水平轉移基因是指在差異生物個體之間,或單個細胞內部細胞器之間所進行的遺傳物質的交

2、流。目前國際上預測水平轉移基因的主要策略是尋找物種基因組中具有明顯差異的序列片段。根據(jù)這一策略,可以利用具有物種特異性的序列統(tǒng)計特征進行HGT搜索,在這基礎上設計并開發(fā)了水平轉移基因搜索工具,并將其整合到基因組序列特征數(shù)據(jù)庫(GSFD)平臺上。 利用該分析平臺,選擇最具有物種特異性的BBC特征對18種常見致病細菌進行了特征異常區(qū)域分析,發(fā)現(xiàn)各個物種所搜索出來的特征異常的片段都在1%~8%之間,大部分都占各基因組的5%左右,符合

3、現(xiàn)實情況中真實的水平轉移現(xiàn)象,驗證了用BBC特征搜索HGT的可行性。同時,選擇BBC特征對枯草芽孢桿菌進行水平轉移基因分析,所得實驗結果與其他方法預測的結果基本一致,而且預測出了skin prophage和SP-beta prophage兩個真實存在的水平轉移基因以及6個潛在的原噬菌體。這一結論在很大程度上證實了用BBC特征進行HGT搜索的有效性。 選擇BBC特征對空腸彎曲桿菌、流感嗜血桿菌和肺炎支原體進行特征異常區(qū)域的深入分

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