1、隨著人類基因組計劃的完成，人類獲得了大量的原始生物數(shù)據(jù)，為了更好地分析、挖掘、再利用這些數(shù)據(jù)，以加快生命科學的發(fā)展步伐，越來越多的計算機技術被應用到生物學研究中，從而形成了生物信息學這樣一門新型的交叉學科。其中，序列比對是生物信息學最基本的研究手段和方法之一。如何獲得比對質量更好、運算時間更短、運算空間更少的序列比對算法和方便易用的比對分析程序是當前生物信息學研究中的一個熱點和難點問題。 本文首先介紹了序列比對的相關概念和研究方

2、法，詳細地描述了什么是雙序列比對和多序列比對，研究了動態(tài)規(guī)劃、Smith-Waterman、BLAST、FASTA及漸進比對等經(jīng)典的雙序列比對、多序列比對算法。接著論文提出了一種基于片段對和動態(tài)規(guī)劃的雙序列比對算法BSDP算法，在該算法中，遞歸地在長的子序列區(qū)使用字策略來快速尋找匹配程度高的片段對、在短的子序列區(qū)使用精確的動態(tài)規(guī)劃算法來比對子序列以實現(xiàn)雙序列比對，該算法在一定程度上提高了序列比對的準確性和速度。文章最后一部分針對目前大多