不結球白菜種質資源抗TuMV鑒定評價及eIF(iso)4E基因克隆和序列分析.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、不結球白菜(Brassica campestrisL.ssp.chinensis)是我國重要蔬菜作物,病毒病的發(fā)生嚴重影響其產量和品質,蕪菁花葉病毒(Turnip mosaic virus,TuMV)是主要毒源。篩選不同抗病基因源、深入挖掘抗病基因以促進分子標記輔助育種仍是防治病毒病最為經濟和安全有效的解決途徑。本論文以不結球白菜種質資源為研究對象,通過苗期TuMV抗性的鑒定評價,篩選不同抗病基因源;選取TuMV抗性差異大的材料為親本,

2、構建F2群體,進行TuMV抗性的遺傳分析;通過克隆不結球白菜的eIF(iso)4E.a和eIF(iso)4E.c基因,比較分析序列多態(tài)性位點、不同變異位點對編碼蛋白的影響以及與TuMV抗性的相關性。這將為進一步明確不結球白菜抗TuMV的分子機制奠定基礎。主要研究結果如下:
  1.利用苗期人工接種鑒定及ELISA檢測方法,對127份不結球白菜種質資源進行TuMV抗性鑒定。結果顯示,不同種質間表現(xiàn)出較大的抗性差異,病情指數(shù)(DI)分

3、布在3.55~95.68之間。不同抗性級別的次數(shù)分布圖基本符合正態(tài)分布,略向感病區(qū)域偏離,基于病情指數(shù)的聚類分析結果與抗病性分級基本一致。通過苗期鑒定共篩選獲得6份高抗和13份抗TuMV種質,主要農藝性狀表現(xiàn)出一定的多樣性。117份供試種質ELISA檢測的P/N值分布在3.10~25.37之間,不同種質間表現(xiàn)出病毒含量的差異,但與DI值未呈現(xiàn)明顯相關性,可作為抗病材料篩選的輔助指標。
  2.利用篩選獲得的4份抗性差異較大的材料為

4、親本,構建3個F2群體。群體的TuMV抗病性鑒定結果顯示,F(xiàn)1均表現(xiàn)感病,F(xiàn)2群體中抗感植株分離比均符合1∶3,推斷兩份抗病材料對TuMV-C4株系的抗性受一對隱性基因控制。
  3.參考白菜基因組Bra035393和Bra035531的測序結果,通過克隆測序分別獲得65份和38份不結球白菜種質的eIF(iso)4E.a和eIF(iso)4E.c基因序列。通過DNAMAN及DNASP軟件比對分析表明,在eIF(iso)4E.a基因

5、中共有33個SNP和11個InDel多態(tài)性位點,產生7種不同單倍型;eIF(iso)4E.c基因有19個SNP和5個InDel多態(tài)位點,產生8種單倍型。與已知白菜或油菜的基因序列比對,分別有13個(eIF(iso)4E.a)和15個(eIF(iso)4E.c)變異位點僅在不結球白菜中發(fā)現(xiàn)。核苷酸多樣性指數(shù)(Pi)及Sliding-window分析均顯示非編碼區(qū)的多樣性程度遠高于編碼區(qū)。eIF(iso)4E.a基因編碼區(qū)有8個SNP變異位

6、點,形成3種CDS,編碼3種蛋白。3個錯義突變位點導致氨基酸的變化為Asp27His、Thr79Ser和Phe108Ty。在eIF(iso)4E.c基因的5種CDS序列中僅有4個SNP變異位點,編碼4種蛋白序列,2個錯義突變位點導致氨基酸變化為Ile80Thr和Pro150Gln。通過SWISS-MODEL軟件進行蛋白空間結構預測,表明氨基酸變異位點多數(shù)位于帽子口袋附近,導致部分空間結構的改變,推測可能影響不同蛋白序列中蛋白-蛋白結合位

7、點的位置和數(shù)目。
  4.用UCSC/Ensembl、NNPP、PLACE、PlantCARE和ARNold軟件對5'和3'側翼序列進行預測分析。結果顯示,eIF(iso)4E.a基因轉錄起點位于起始密碼子前52bp處,該基因的表達可能受光和脅迫調控,一些SNP或InDel的變異影響調控元件的有無或數(shù)量的多少,在終止密碼子后543bp存在不依賴ρ因子的終止子。在eIF(iso)4E.c基因的3'側翼序列中未預測到終止子的存在。

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