基于分步查找的高效復合模式查找算法.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、復合模式查找是生物信息學中模式發(fā)現(xiàn)問題的一個新的研究領域,而尋求效率更高,精度更高的復合模式查找算法將是復合模式研究領域的長期熱點與目標。本文對此進行了深入的研究和探討。
   本文深入研究了當今國際上的各種復合模式查找算法,系統(tǒng)地闡述了最具代表性的MITRA-Dyad算法和RISO算法。同時,由于本文實現(xiàn)的算法需要用到單分體模式查找算法,故對當今流行的單分體模式查找算法進行了簡要的介紹,分析了各算法的優(yōu)缺點,并對本文使用到的M

2、ITRA-Count單分體模式查找算法進行了系統(tǒng)闡述。
   ECOMP算法是一種使用錯配樹數(shù)據(jù)結構的復合模式分步查找算法。本文針對復合模式的一種簡單形式-二分體模式的特點進行研究,通過對:ECOMP算法的理論分析和實驗測試,證明ECOMP算法可以應用于實際的復合模式查找問題。同時,由于ECOMP算法的第一部分MITRA-Count算法的設計機制,導致其運行速度和空間占用方面都存在低效性的特點,本文將對錯配樹的遞歸遍歷方式改進為

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