二維凝膠電泳連配聚類統(tǒng)計算法.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、二維凝膠電泳技術能夠并行高通量地對上千個蛋白質進行檢測和定量研究,在蛋白質表達和表達后修飾的研究中起到了重要的作用。同時它產生的高通量的數(shù)據(jù)需要依賴于計算機算法的幫助。二維凝膠電泳圖像的軟件分析一般可分為以下三個步驟:蛋白質電泳點的檢測,凝膠圖像之間點的連配,點的定量分析。目前商用的分析軟件包包括Melanie,PDQuest,z3,and Progenesis。 蛋白質電泳點的檢測和凝膠圖像之間點的連配是影響軟件分析精度的關鍵

2、。雖然有越來越多的算法對其進行研究改進,但作者認為特別是在凝膠圖像之間點的連配方面精度提高已經出現(xiàn)了瓶頸。因為各種實驗及各膠之間存在不同程度的差異,連配算法的改進并不能適應所有情況。 本文提出凝膠圖像之間點的連配聚類統(tǒng)計算法來改進連配的精度。主要的優(yōu)化思路是利用不同的凝膠圖像作為參考膠,進行多次軟件的自動連配,得到多個點鏈(即一條不同凝膠上代表同一蛋白質組分的電泳點的連配信息)組成的集合。利用這多條點鏈之間的相互印證來修正錯誤。

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