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文檔簡介
1、癌癥是一類嚴重威脅人類健康、導致死亡的常見病、多發(fā)病,是近年來醫(yī)學領域中研究的重要課題之一。而口腔癌的發(fā)生率排在世界癌發(fā)生率的第六位。近年來隨著分子生物學技術(shù)的不斷發(fā)展,從分子水平上研究腫瘤發(fā)生的機制及其與癌基因、抑癌基因的關系已成為腫瘤基因治療的主要方向之一。癌癥的發(fā)生與癌基因的激活和抑癌基因的失活密切相關??谇话┤笔?1(deletedinoralcancer-1,DOC-1)基因是Todd等于1995年利用倉鼠口腔癌模型分離和證實
2、的一個候選抑癌基因,p12蛋白是其編碼的具有腫瘤生長抑制功能的蛋白。作為一種新的候選抑癌基因逐年受到醫(yī)學研究者的關注。人類DOC-1位于染色12q24,cDNA全長為1627bp,編碼115個氨基酸,具有4個外顯子,p12分子量為12.4kDa。DOC-1可以誘導倉鼠口腔惡性角化細胞的凋亡。p12蛋白通過兩種重要的細胞伴侶(細胞周期依賴性蛋白激酶2和DNA聚合酶α)而對細胞周期中的S期進行調(diào)控。p12蛋白是一種CDK2的相關蛋白,對激酶
3、的活性起負調(diào)控作用,并通過下調(diào)活性CDK2的表達水平,減弱對Rb基因活性的抑制,從而抑制腫瘤的生長,并且在鱗狀細胞癌中異位表達p12后可以轉(zhuǎn)變細胞系的惡性表型,部分是因為p12與CDK2和DNA聚合酶α結(jié)合,從而抑制了他們的活性。p12蛋白在人口腔鱗癌中的表達顯著降低甚至缺失,但其缺失的機理和水平尚未見報道。
本研究采用生物信息學數(shù)據(jù)庫及相關軟件預測DOC-1基因編碼蛋白p12的理化性質(zhì)、二級結(jié)構(gòu)和可能存在的功能位點,構(gòu)建人舌
4、鱗癌(Tca-8113)細胞cDNA文庫,運用酵母雙雜交技術(shù)篩選與p12蛋白相互作用的蛋白,從而發(fā)現(xiàn)導致p12蛋白在口腔癌缺失中的相關因子,進一步闡明DOC-1基因缺失的機理,為下一步研究DOC-1的功能奠定了基礎。
實驗目的:
本課題研究的目的是通過構(gòu)建人舌鱗癌(Tca-8113)細胞cDNA文庫,用生物信息學技術(shù)預測p12蛋白的理化性質(zhì)和高級結(jié)構(gòu)以及可能與其相互作用的因子,為下一步運用酵母雙雜交技術(shù)篩選出新的蛋白
5、,研究DOC-1基因及其蛋白在口腔癌發(fā)生中的作用與調(diào)控機制提供重要工具。
實驗方法:
1.使用生物信息學技術(shù)相關數(shù)據(jù)庫和軟件預測DOC-1基因編碼的p12蛋白的某些結(jié)構(gòu)和功能基序,尋找可能與其相互作用的因子。查詢GenBank數(shù)據(jù)庫得到DOC-1基因的堿基序列和p12蛋白的氨基酸序列;通過http://www.expasy.org/tools/#proteome得到p12的理化性質(zhì);由TMHMM站點http://ww
6、w.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/了解該基因編碼的蛋白質(zhì)是否具有跨模結(jié)構(gòu);由PSORT主頁的http://psort.nibb.ac.jp/預測其亞細胞定位。通過ExPASy的http://www.expasy.org/及Jpred的http://www.compbio.dundee.ac.uk/~www-jpred/得到p12可能的功能基序和功能位點以及二級結(jié)構(gòu)(α螺旋、β折疊、β轉(zhuǎn)角以及無規(guī)卷曲等)的預測和分析
7、。2.構(gòu)建人舌鱗癌(Tca-8113)細胞cDNA文庫。用Trizol法提取人舌鱗癌(Tca-8113)細胞的總RNA,使用OligotexmRNAMiniKit分離純化mRNA,使用LibraryConstructionKitandcDNASynthesisKit構(gòu)建人舌鱗癌(Tca-8113)細胞cDNA表達文庫。
實驗結(jié)果:
獲得了p12蛋白的外顯子和理化性質(zhì)信息,預測了可能存在的功能基序及二級結(jié)構(gòu),人舌鱗癌(
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