線(xiàn)粒體膜間隙內(nèi)蛋白質(zhì)間相互作用網(wǎng)絡(luò)的初步研究.pdf_第1頁(yè)
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1、目的:以人源線(xiàn)粒體膜間隙內(nèi)蛋白為主要研究對(duì)象,發(fā)掘它們之間的相互作用,構(gòu)建其相互作用網(wǎng)絡(luò)。 方法:采用PCR技術(shù)擴(kuò)增以線(xiàn)粒體膜間隙內(nèi)蛋白為主的蛋白編碼基因,分別將其構(gòu)建酵母雙雜交質(zhì)粒pDBLeu和pPC86的重組載體;應(yīng)用酵母雙雜交技術(shù),分別采用共轉(zhuǎn)酵母法和陣列組合法進(jìn)行相互作用蛋白的篩選,挑取部分陽(yáng)性結(jié)果用免疫共沉淀或(和)GST-Pull down驗(yàn)證,并對(duì)個(gè)別酵母雙雜交陰性但有生物學(xué)意義的相互作用進(jìn)行免疫共沉淀鑒定;采用生

2、物信息學(xué)分析方法對(duì)所獲得的相互作用數(shù)據(jù)可信度進(jìn)行分析,并運(yùn)用Cytoscape軟件構(gòu)建出相互作用網(wǎng)絡(luò)圖,在此基礎(chǔ)上通過(guò)文獻(xiàn)調(diào)研對(duì)相互作用的生物學(xué)意義進(jìn)行深入挖掘。 結(jié)果:成功構(gòu)建了38個(gè)誘餌和41個(gè)獵物融合基因的酵母雙雜交載體。除去1個(gè)有自激活活性的誘餌后,通過(guò)酵母雙雜交技術(shù)篩選和免疫共沉淀鑒定共得到涉及36個(gè)蛋白間的50對(duì)相互作用,其中2對(duì)為已知相互作用,從新相互作用中挑取6對(duì)以免疫共沉淀或(和)GST-Pull down進(jìn)行

3、驗(yàn)證,結(jié)果4對(duì)陽(yáng)性,另2對(duì)沒(méi)有發(fā)現(xiàn)相互作用。對(duì)Y2H結(jié)果采用生物信息學(xué)分析,我們發(fā)現(xiàn)有13對(duì)相互作用(26%)的誘餌和獵物基因名共同出現(xiàn)在PubMed文獻(xiàn)中;沒(méi)有相同的基因敲除表型的相互作用對(duì);12對(duì)相互作用蛋白(24.5%)共享第4級(jí)或以上GO功能注釋?zhuān)蛔詈笳隙喾N參數(shù)對(duì)每對(duì)相互作用進(jìn)行綜合評(píng)分,27對(duì)相互作用(55%)具有高可信度。 結(jié)論:線(xiàn)粒體膜間隙內(nèi)蛋白間存在復(fù)雜的相互作用網(wǎng)絡(luò),這些新相互作用的發(fā)現(xiàn)為探討線(xiàn)粒體膜間隙內(nèi)一

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