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文檔簡介
1、水稻功能基因組學是當前水稻分子生物學研究的熱點。Ac/Ds轉座元件被廣泛應用于功能基因組學中突變體庫的構建,在功能基因組學研究中具有重要作用。本研究以含Ds元件的水稻稃片白化突變體為材料,采用TAIL-PCR技術分離Ds側翼序列,確定稃片白化突變體基因組上Ds的染色體定位和基因位點,在此基礎上,基于cDNA末端快速擴增技術(RACE)擴增Ds標記基因cDNA的3′端序列,進一步分析Ds的插入對標記基因結構和表達的影響。結果包含以下幾個方
2、面:
1.稃片白化突變體初步的形態(tài)和生理學鑒定。稃片白化突變體水稻植株抽穗后,內外稃片和小梗顏色均為白色,而其他具有綠色組織的部位顏色表現正常,與野生型水稻一致。SPSS軟件分析獲得的株高、旗葉長、旗葉寬、穗長等性狀的數據,結果表明,突變體水稻植株高度明顯低于野生型水稻,突變體植株旗葉明顯長于野生型水稻。
2.TAIL-PCR技術擴增稃片白化突變體基因組上Ds插入位置旁側序列,生物信息學初步分析表明,稃片白化突變體在
3、第1、2、3號染色體上均有Ds插入。
Ds插入在1號染色體(gene:OSJNOa234E14.3,protein ID:BAD69439.1)上,該基因有6個外顯子和5個內含子,Ds插入在第6外顯子上,基因編碼258個氨基酸,推測的編碼產物為CBS結構域蛋白,具有一個保守的兩串聯(lián)重復CBS結構域。
Ds插入在2號染色體(gene: OJ1058_F07.11,protein ID: BAD19323.1)上,該基因
4、有2個外顯子和1個內含子,Ds插入在3′端非編碼區(qū)上,基因編碼237個氨基酸,推測的編碼產物為未知蛋白。
Ds插入在3號染色體(gene:OSJNBa0054H04.28,protein ID:AAR89005.1)上,該基因有4個外顯子和3個內含子,Ds插入位置在第4外顯子,Ds在該插入位點有切離并留下8 bp的“CATCATGA”足跡序列,該基因編碼549個氨基酸,推測的編碼產物為氧化還原酶,具有保守的DIOX_N結構域和
5、2OG-Fe(II)氧化還原酶結構域。SWISS-MODEL蛋白同源軟件預測,該蛋白與玉米無色花色素雙加氧酶具有相似的蛋白空間結構。
3. RACE技術驗證Ds的插入對基因結構和表達的影響。結合生物信息學分析的結果表明,與野生型水稻相比,突變體水稻中編碼類 CBS結構域蛋白的基因和編碼假擬氧化還原酶的基因都有新的表達產物出現,基因的結構都發(fā)生改變。
Ds插入引起編碼類CBS結構域蛋白的基因第3個外顯子由81 bp增加
6、至108 bp,最后的3個外顯子消失,此外,原第3個內含子中27 bp的序列外顯子化加入至原第3外顯子,緊鄰的長117 bp的序列轉為3'-UTR序列。SWISS MODEL軟件對蛋白質同源分析預測表明,基因結構改變后編碼的蛋白質空間結構與一個假擬信號傳導蛋白空間結構相似。
編碼假擬氧化還原酶的基因末位外顯子由570 bp縮短為312 bp,縮短后的外顯子中還包括部分的Ds序列,而Ds標記基因的3'-UTR序列均為Ds序列。蛋
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