1、櫛孔扇貝（Chlamys farreri）是我國(guó)北方沿海一種重要的經(jīng)濟(jì)貝類，在我國(guó)水產(chǎn)養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)中占有重要的位置。開(kāi)展櫛孔扇貝的基因組學(xué)研究，對(duì)于了解重要經(jīng)濟(jì)性狀的遺傳學(xué)基礎(chǔ)，開(kāi)發(fā)重要經(jīng)濟(jì)性狀的遺傳調(diào)控基因，從而指導(dǎo)品種改良和遺傳育種具有重要意義。本研究首先構(gòu)建了一個(gè)櫛孔扇貝基因組學(xué)研究平臺(tái)，此平臺(tái)包含三個(gè)細(xì)菌人工染色體（BAC）文庫(kù)，而后實(shí)現(xiàn)了文庫(kù)的初步應(yīng)用分析。與此同時(shí)，利用高通量測(cè)序技術(shù)將櫛孔扇貝全基因組進(jìn)行測(cè)序評(píng)估，并由此對(duì)基因組

2、特征進(jìn)行初步分析。本篇論文主要包括以下三部分內(nèi)容：
　　1.櫛孔扇貝BAC文庫(kù)的構(gòu)建及質(zhì)量評(píng)價(jià)
　　本研究構(gòu)建了櫛孔扇貝三個(gè)BAC文庫(kù)，分別為BamHI文庫(kù)，HindIII文庫(kù)和Sau3AI文庫(kù)，其中BamHI文庫(kù)包含34,560個(gè)克隆，平均插入片段為98Kb，未發(fā)現(xiàn)空載；HindIII文庫(kù)包含132,480個(gè)克隆，平均插入片段為106Kb，空載率為1.67％；Sau3AI文庫(kù)包含23,040個(gè)克隆，平均插入片段為53Kb，

3、空載率為3.33%。三個(gè)文庫(kù)總共由190,080個(gè)克隆組成，平均插入片段為98Kb，覆蓋櫛孔扇貝基因組的15.4倍。隨機(jī)挑選BAC克隆100代的繼代培養(yǎng)，沒(méi)有發(fā)現(xiàn)插入片段的丟失或重排現(xiàn)象，說(shuō)明所構(gòu)建的BAC文庫(kù)是穩(wěn)定的。將所有克隆進(jìn)行超級(jí)池及二級(jí)池的構(gòu)建，篩選了櫛孔扇貝3個(gè)基因以及遺傳圖譜上的7個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記，陽(yáng)性克隆數(shù)在6-18之間，表明這三個(gè)文庫(kù)可以在目的基因或標(biāo)記的篩選，物理圖譜構(gòu)建以及大規(guī)?；蚪M測(cè)序過(guò)程中發(fā)揮重要作用。
　

4、　2.櫛孔扇貝BAC文庫(kù)的應(yīng)用
　　本研究選取櫛孔扇貝8個(gè)免疫相關(guān)候選基因及17個(gè)與生長(zhǎng)性狀QTL連鎖的SNP標(biāo)記為研究對(duì)象，利用BAC文庫(kù)的4D-PCR篩選系統(tǒng)對(duì)這25個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行篩選分析，每個(gè)位點(diǎn)篩選出3個(gè)陽(yáng)性克隆，最終獲得了75個(gè)含有目的基因或SNP標(biāo)記的陽(yáng)性克隆。這為日后櫛孔扇貝免疫及生長(zhǎng)性狀相關(guān)基因的完整克隆奠定了基礎(chǔ)。另外，還利用BAC-FISH技術(shù)對(duì)櫛孔扇貝Toll樣受體（TLR）信號(hào)通路中的關(guān)鍵基因（CfTLR,Cf

5、Myd88,CfTRAF6,CfNFκB和CfIκB）進(jìn)行染色體定位。結(jié)果顯示，包含這些基因的5個(gè)BAC克隆定位在染色體上的位置單一。進(jìn)一步通過(guò)核型分析及共定位驗(yàn)證，這5個(gè)克隆被定位于5對(duì)不同的染色體上，表明TLR信號(hào)通路的5個(gè)關(guān)鍵基因在櫛孔扇貝基因組中并不連鎖。這些研究對(duì)探索櫛孔扇貝免疫系統(tǒng)機(jī)理有著積極的作用，并有利于細(xì)胞染色體分析等工作的開(kāi)展。
　　3.櫛孔扇貝基因組勘探測(cè)序及特征分析
　　本研究采用全基因組鳥(niǎo)槍法策略，

6、依托于Illumina solexa高通量測(cè)序平臺(tái)對(duì)櫛孔扇貝基因組進(jìn)行勘探測(cè)序，獲得了62.44Gb的有效數(shù)據(jù)，評(píng)估覆蓋深度約為50X。對(duì)所有短序列組裝結(jié)果顯示contig N50為1,267bp，scaffold N50為1,517bp，獲得scaffold總長(zhǎng)約為870Mb。通過(guò)17-kmer分析估計(jì)櫛孔扇貝基因組大小約為971Mb，并預(yù)測(cè)該測(cè)序個(gè)體的雜合度約為1.35%。對(duì)scaffold序列進(jìn)行初步分析，估計(jì)其覆蓋真實(shí)基因組的5

7、7.1%，覆蓋轉(zhuǎn)錄組的88.7%。運(yùn)用RepeatMasker軟件進(jìn)行掃描，獲得了884,644個(gè)散在重復(fù)序列，主要分為四種類型：DNA轉(zhuǎn)座子、SINE反轉(zhuǎn)座子、LINE反轉(zhuǎn)座子和LTR反轉(zhuǎn)座子。其中，DNA轉(zhuǎn)座子數(shù)目最多，其次是SINE反轉(zhuǎn)座子、LINE反轉(zhuǎn)座子和LTR反轉(zhuǎn)座子。運(yùn)用SciRoKo軟件進(jìn)行掃描，獲得了134,887個(gè)微衛(wèi)星序列，分為437種類型，其中單堿基重復(fù)的微衛(wèi)星數(shù)目最多。這些結(jié)果的獲得將有利于對(duì)櫛孔扇貝基因組結(jié)構(gòu)