1、核苷酸結(jié)合位點(diǎn)(Nucleotide binding site, NBS)編碼基因在植物抵御病原入侵的過(guò)程中扮演著重要的角色。通過(guò)先前進(jìn)行的大量研究，研究者已經(jīng)在許多重要的植物物種中鑒定出了多個(gè)NBS基因家族并對(duì)它們的特征進(jìn)行了描述，這其中包括了水稻和擬南芥。但是有關(guān)于NBS編碼基因進(jìn)化過(guò)程中的不同復(fù)制模式所導(dǎo)致的結(jié)果的研究還鮮有報(bào)道。同時(shí)，許多研究表明，在抗病基因(R基因)中存在/不存在(Presence/Absent, P/A)多態(tài)

2、性是水稻中的常見(jiàn)的現(xiàn)象，但其在稻瘟易感或抗性品種水稻中的作用還沒(méi)有被充分研究。
　　在本研究中，BLAST和HMMER同源性檢索工具的組合方法被首先用來(lái)識(shí)別在三種水稻品種的基因組中的NBS編碼基因。然后，本研究對(duì)NBS蛋白質(zhì)的保守基序的特點(diǎn)進(jìn)行了描述，并應(yīng)用自上而下的Mcscan方法分析同線性和基因復(fù)制事件。最后，使用RNA測(cè)序數(shù)據(jù)來(lái)研究NBS-編碼重復(fù)基因的表達(dá)的進(jìn)化過(guò)程，而RP/ A多態(tài)性位點(diǎn)則使用BLASTp程序識(shí)別。

3、>　　本研究的結(jié)果表明，在日本晴，93-11品種以及CO39品種的水稻的基因組中分別發(fā)現(xiàn)了554個(gè)，597個(gè)以及387個(gè)NBS編碼基因。而其中分別有430個(gè)，551個(gè)和147個(gè)基因?yàn)橹貜?fù)基因。這些重復(fù)基因源于不同的基因重復(fù)事件。在日本晴，93-11亞種以及擬南芥中這些重復(fù)基因也已被報(bào)道。在日本晴和93-11的基因組中我們發(fā)現(xiàn)了8個(gè)同線性同源基因?qū)?。同時(shí)，重復(fù)基因表達(dá)分析的結(jié)果表明，在不同的水稻組織中，重復(fù)基因表達(dá)具有一定的差異。每一種重

4、復(fù)基因模式對(duì)于表達(dá)的多樣性的貢獻(xiàn)是不同的。大區(qū)段復(fù)制(segmental duplication)是所有復(fù)制模式中表達(dá)量最高的模式。本研究還在粳稻與秈稻基因組之間，日本晴與CO39基因組之間以及93-11與CO39基因組之間分別發(fā)現(xiàn)了234個(gè)、131個(gè)以及254個(gè)P/A多態(tài)性位點(diǎn)。
　　本研究結(jié)果表明，不同的基因復(fù)制模式對(duì)NBS編碼基因的擴(kuò)張以及表達(dá)量的差異具有不同的貢獻(xiàn)。一些共線性同源基因的存在證明了日本晴和93-11基因組間R