1、酶是生物體內一類具有催化活性和特定空間構象的生物大分子，因具有高效、專一以及作用條件溫和等特點而在工農業(yè)生產以及醫(yī)療衛(wèi)生等領域得到廣泛的研究與應用。面對日益嚴重的環(huán)境問題，酶在環(huán)境領域的應用也開始得到越來越多的研究關注。酶與環(huán)境污染有著相當密切的關系，環(huán)境污染物可以通過直接損傷酶的結構和功能而對生物體造成急性危害;而另一方面，許多酶又會對環(huán)境污染物有降解作用，這在一定程度上有消除污染，緩解環(huán)境危機的意義。研究污染物對酶的毒理作用，了解酶

2、中毒機理，能為藥物設計與解毒提供有價值的指導;而研究酶對污染物的降解作用則可以使酶更廣泛應用于環(huán)境污染物檢測與修復治理等領域。目前已有多種實驗手段可以對酶的結構功能以及反應機理進行研究，但都無法詳細描述其反應過程，這在一定程度上限制了對酶的研究。量子力學與分子力學聯(lián)用的方法(QM/MM)則可以直接從原子層面對酶反應過程進行研究探索而逐漸成為研究酶等生物大分子反應的重要手段。
　　本論文采用結合分子動力學模擬的QM/MM方法研究了生

3、物酶體系中有機磷毒理與有機氯脫氯的反應過程，獲得了酶反應體系的詳細信息，探討了酶的活性來源與反應特征，補充驗證并解釋了實驗結果，豐富了對酶的認識并促進了其在環(huán)境領域的應用。
　　一、巴拉奧松抑制的乙酰膽堿酯酶的自發(fā)活化與老化機理
　　有機磷酸酯類化合物可以使生物體內的乙酰膽堿酯酶發(fā)生磷酸化而失去分解乙酰膽堿的能力，從而造成神經傳導的紊亂。磷酸化的乙酰膽堿酯酶還可以進一步發(fā)生自發(fā)活化或老化反應。目前對這兩類反應的研究較少，尤其

4、是老化反應，反應機理以及關鍵氨基酸、水分子等在反應過程中的作用都不明確。本論文以有機磷酸酯類農藥巴拉奧松為例，在QM/MM方法下模擬研究其抑制的乙酰膽堿酯酶的自發(fā)活化以及老化反應機理。研究發(fā)現(xiàn)，自發(fā)活化反應是活性中心的一個水分子在組氨酸His447的極化下進攻巴拉奧松的中心磷原子而引發(fā)，而老化反應則是由谷氨酸Glu202極化另外一個水分子進攻巴拉奧松烷氧基上的α碳原子來完成。研究還發(fā)現(xiàn)甘氨酸Gly122能同時促進自發(fā)活化和老化反應，絡氨

5、酸Tyr133對自發(fā)活化反應略有阻礙效果而Gly121能夠強烈抑制老化反應的進行。此外，本論文還發(fā)現(xiàn)Gly120等六個氨基酸對巴拉奧松抑制的乙酰膽堿酯的自發(fā)活化和老化反應有相反的影響。本論文對于深入了解酶的結構功能提供了新的研究方法。
　　二、組氨酸不同質子化狀態(tài)對二甲基磷抑制的乙酰膽堿酯酶的老化影響
　　本論文經過研究發(fā)現(xiàn)老化反應中對催化水分子有極化作用的氨基酸為谷氨酸，而活性中心的組氨酸并未直接參與到反應中去。但是根據該

6、氨基酸空間位置以及電性信息可推斷出其必然會對老化反應產生影響。而且組氨酸上的咪唑基是一種兩性催化功能基團，生物體內的組氨酸通常都是既有酸的形式存在也有堿的形式存在。因此，該組氨酸的不同質子化狀態(tài)有可能會對磷酸化乙酰膽堿酯酶的老化反應產生不同的影響。本論文以二甲基磷酸酯類化合物為例，在QM/MM方法下模擬研究其抑制的乙酰膽堿酯酶在His447不同的質子化狀態(tài)下的老化反應過程。結果發(fā)現(xiàn)，His447在非質子化狀態(tài)下更容易發(fā)生老化反應。進一步

7、研究分析發(fā)現(xiàn)質子化的His447可以通過直接的氫鍵作用或者通過改變反應體系其他氨基酸的空間位置而間接削弱Glu202羧基的負電性，從而弱化其對催化水分子的極化作用繼而造成老化反應勢壘的升高。由此結論可推測，打破反應體系酸堿平衡使質子化的His447濃度升高，可延緩老化反應的發(fā)生，從而為有機磷中毒爭取更多的解毒時間。同理，提高非質子化His447的含量可使磷酸化的乙酰膽堿酯酶發(fā)生快速老化而增強有機磷的毒性。本論文的研究可以為設計農藥或者解

8、毒藥物提供新的思路并對乙酰膽堿酯酶的結構功能有了新的認識。
　　三、六氯環(huán)己烷脫氯化氫酶對γ-六氯環(huán)己烷的脫氯機理研究
　　γ-六氯環(huán)己烷是一種重要的環(huán)境污染物，其可以在六氯環(huán)己烷脫氯化氫酶LinA的降解下發(fā)生兩次脫氯化氫反應。LinA的結構功能分析發(fā)現(xiàn)其對降解底物中離去的氫和氯具有一定的選擇性，但初次脫氯化氫反應的產物并不符合發(fā)生二次反應的條件。本論文在此基礎上對LinA催化γ-六氯環(huán)己烷發(fā)生兩次脫氯化氫反應的生物轉化路徑

9、進行修正，認為初次脫氯化氫完成后的產物并不直接進行二次脫氯化氫反應，而是經過了一步自身異構化使分子中出現(xiàn)滿足LinA催化離去的氫和氯后再發(fā)生二次脫氯化氫。經過模擬研究驗證了本論文的假設，并且證實了實驗推測的不穩(wěn)定降解產物的存在，還從能量角度揭示了鞘脂單胞菌科微生物對γ-六氯環(huán)己烷進行兩次脫氯化氫的意義。此外，本論文還發(fā)現(xiàn)亮氨酸Leu21和半胱氨酸Cys71對LinA發(fā)揮脫氯化氫功能有抑制作用，這一研究發(fā)現(xiàn)可以為LinA的定向突變改造提供

10、潛在的突變位點。
　　四、鹵代烷脫鹵素酶降解1，2-二氯丙烷的對映體選擇性研究
　　鹵代烷脫鹵素酶LinB因具有廣泛的底物特異性和簡單的降解條件而在目前的污染物生物修復方面有廣泛的應用，其對環(huán)境穩(wěn)定性極強的有機氯污染物1，2-二氯丙烷有一定的降解活性。此外，1，2-二氯丙烷分子內存在手性碳，目前并不確定LinB對其的脫氯降解是否具有對映體選擇性。本論文采用QM/MM方法在原子層面模擬研究了鹵代烷脫鹵素酶LinB對1，2-二氯

11、丙烷兩種對映異構體的脫氯水解反應過程。證實了LinB在催化降解這種外消旋混合物時具有較高的對映體選擇性，其對R型異構體的降解能力強于S型。進一步的空間構型分析認為，1，2-二氯丙烷兩種異構體在LinB活性中心的不同取向產生其各自獨特的酶內部微環(huán)境，導致(S)-DCP附近出現(xiàn)一個可強烈抑制(S)-DCP脫氯反應的水分子，使LinB表現(xiàn)出對映體選擇性。此外，對活性區(qū)域周圍氨基酸靜電影響分析發(fā)現(xiàn)Gly37可抑制LinB對DCP兩種異構體的降解