1、浙江理工大學學位論文獨創(chuàng)性聲明本人聲明所呈交的學位論文是本人在導師指導下進行的研究工作及取得的研究成果。除了文中特別加以標注和致 謝的地方外，論文中不包含其他人已經(jīng)發(fā)表或撰寫過的研究 成果，也不包含為獲得浙江理工大學或其他教育機構(gòu)的學位或證書而使用過的材料。與我一同工作的同志對本研究所做 的任何貢獻均已在論文中作了明確的說明并表示謝意。學位論文作者簽名：＼7J f 磊勃簽字日期：≯。c ’) 年弓月弓口 日浙江理工大學碩士學位論文 基于

2、高通量測序的半夏珠芽轉(zhuǎn)錄組研究摘要半夏P i n e l l i at e r n a f a ( r 1 1 1 u n b ．) B r e i t ，為天南星科多年生草本植物。作為我國傳統(tǒng)中藥，半夏始載于《神農(nóng)草本經(jīng)》，性溫，味辛，有小毒，歸脾、胃、肺經(jīng)，具有燥濕化痰、降逆止嘔、消痞散結(jié)的功效，為祛痰、止吐之藥。半夏是一種獨特的植物，其繁殖有三種方式：種子繁殖、珠芽繁殖和塊莖繁殖。在自然界和農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中，由于珠芽繁殖速度快，所以大部

3、分半夏都通過珠芽繁殖。因此，珠芽是構(gòu)成半夏產(chǎn)量的重要因素，也對半夏的種質(zhì)資源起決定性作用。本論文以半夏為材料，利用高通量測序為技術(shù)手段，來研究半夏珠芽和莖基因表達的差異，尋找一些半夏珠芽形成相關(guān)的基因，為闡明半夏珠芽形成的分子機制做基礎，也為半夏種植的研究提供一點參考。本實驗所取樣本經(jīng)I l l u m i n a H i s e q 2 5 0 0 高通量測序平臺測序，共獲得了7 ．1 G b原始數(shù)據(jù)，1 4 9 8 2 5 4 2

4、8 條R a w R e a d s ，經(jīng)T r i n i t y 軟件組裝，獲得9 0 1 7 5 個u n i g e n e s ，平均長度為7 5 1 b p 。將u n i g e n e s 通過B L A S T 程序比對到N R 、K O G 、S w i s s - p r o t 、P f a m 和K E G G 等數(shù)據(jù)庫( E 值< l e 。5 ) ，分別獲得丫5 5 1 9 7 、4 6 2 3 7

5、、3 5 6 1 6 、3 8 9 6 7和2 2 9 6 1 條注釋信息。經(jīng)過進一步分析，在半夏轉(zhuǎn)錄組中找到了2 8 種共1 78 9 4個S S R 位點和2 0 5 6 1 3 個S N P 。通過分析兩個樣本的基因表達量，篩選出8 5 8 8 4 個基因存在差異表達，其中有5 8 6 9 個上調(diào)表達，9 6 1 5 個下調(diào)表達。根據(jù)統(tǒng)計學方法，篩選出了1 2 1 4 個顯著差異表達的基因，其中6 8 7 個上調(diào)表達，5 2 7

6、個下調(diào)表達。對差異表達的基因做G O 富集分析，結(jié)果顯示有1 8 7 6 6 個基因富集到細胞組分，1 1 6 2 8 個基因富集到生物學過程，8 2 8 5 個基因富集到分子功能。將差異表達基岡做K E G G P a t h w a y富集分析，共有3 0 8 3 3 條差異基因被富集到2 4 6 條K E G G P a t h w a y ，其中有5 6 2 7條顯著差異表達基岡被富集到2 4 6 條K E G G P a t