1、Riboswitch稱為核糖開關,廣泛存在于各種生物體內,可以認為是一類對小分子代謝物敏感的結構RNA,通過結合小分子代謝物在轉錄與翻譯水平調控基因表達。它們通常位于mRNA的5'-非翻譯區(qū)(5'-untranslated regions UTR),不編碼蛋白質,可以不依賴任何蛋白因子而直接結合小分子代謝物,繼而發(fā)生構象重排,影響該mRNA的活動,調控小分子代謝物相關蛋白的表達。特異性與之結合的小分子代謝物一般為賴氨酸(Lysine),

2、黃素單核苷酸(flavin mononucleotide,FMN),硫胺素焦磷酸(Thiamine pyrophosphate,TPP),甘氨酸(glycine),維生素B12氰鈷銨(Cobalamin)等,其中與小分子結合的區(qū)域稱為適配體結構域(aptamer domain,AD)。
　　 合成生物學的發(fā)展使得基因的人工合成變?yōu)榭赡?。由于利用傳統(tǒng)的堿基按序合成的方法來合成各種預期目的基因或者基因組序列既浪費時間又浪費資金,并且

3、合成的目標序列有著很高的出錯率,同時在多元平行構建基因的過程中,需要大量合成短的寡核苷酸(oligos)。隨著科技的發(fā)展,微流體芯片技術的應用可以使我們平行合成寡核苷酸的過程變的相對簡單與高效。由此可使得人工合成基因的過程簡化為連接組裝寡核苷酸片段。
　　 本論文以可程序控制的微流體PicoArray芯片平行合成的多元Riboswitch寡核苷酸(這些多元寡核苷酸經過人為設計和改良)為材料,通過擴增回收純化,混合成為寡核苷酸混合

4、物(OligoMix),酶切純化,連接與組裝,PCR擴增,電泳檢測等過程組裝全長的Riboswitch基因。通過對合成目的基因與載體的連接,轉化,克隆,提取質粒,進而對體外組裝結果進行驗證。通過質粒抽提,PCR,目的片段的回收純化與檢測,含量檢測,獲取Riboswitch目的基因的相關數據。將Riboswitch文庫中DNA分子所對應的RNA序列進行M-fold二級結構折疊預測。通過文獻查閱,按照配體的不同對Riboswitch分類,進