1、本文采用基因表達譜（gene expression profile）結合分子指紋（molecular fingerprint）技術和模式分析（modularity analysis），對差異基因和功能模塊分別進行GO注釋和KEGG通路分析，初步揭示了復方丹參滴丸治療頸動脈粥樣硬化的物質基礎和作用機制。采用芯片顯著性分析方法（SAM）對人體頸動脈粥樣硬化和正常組織的基因表達譜數(shù)據(jù)進行差異基因篩選；利用DAVID對差異基因進行GO分析、KE

2、GG通路分析和GSEA分析；將差異基因集輸入到Cmap，獲得負性富集分數(shù)較大的藥物分子；再將復方丹參滴丸336個中藥成分與7個藥物分子進行2D分子指紋的相似度比較。隨后建立復方丹參滴丸二階異質網絡模型，采用Girvan-Newman算法對異質網絡進行網絡結構分析，通過計算各模塊的Modularity measure和Ratio of preserved CPIs篩選關鍵模塊，再對其中的藥理單位進行GO注釋和KEGG通路分析；最后結合基因

3、表達譜分析結果發(fā)現(xiàn)復方在治療疾病過程中可能的有效成分、作用靶點和通路。本研究基于以上網絡藥理學方法，預測了復方丹參滴丸治療頸動脈粥樣硬化疾病的有效成分及其作用通路，體現(xiàn)了中藥多成分-多靶點協(xié)同作用的特點，預測結果與研究報道基本吻合，表明了研究方法具有較好的合理性和準確性，為研究中藥復方的物質基礎和作用機制提供方法學參考。
　　主要研究內容如下：
　　1.基于基因表達譜與分子指紋技術研究復方丹參滴丸治療頸動脈粥樣硬化的物質基礎

4、和作用機制
　　收集人體頸動脈粥樣硬化和正常組織的基因表達譜數(shù)據(jù)，采用芯片顯著性分析（significance analysis of microarray,SAM）方法篩選出差異基因；利用DAVID軟件對差異基因進行GO分析和KEGG通路分析；通過GSEA分析能夠避免遺漏部分差異表達不顯著卻有重要生物學意義的基因；將差異基因集輸入到Cmap，獲得7個負性富集分數(shù)較大的藥物分子，預示這些藥物能逆轉調控疾病組織的基因表達譜；最后，根

5、據(jù)結構相似的分子往往具有相類似活性的特點，將復方丹參滴丸的336個成分與7個藥物分子進行2D分子指紋的相似度比較。結果顯示：SAM法篩選得到147個差異基因，其中上調基因60個，下調基因87個。7個藥物分子中，除異維甲酸（isotretinoin）外均對心血管疾病具有治療作用；其中TTNPB與復方中36個成分具有相似的結構（Tanimoto系數(shù)大于0.7），提示36個復方成分中可能有復方丹參滴丸治療頸動脈粥樣硬化的主要藥效成分。

6、　　2.基于模式分析研究復方丹參滴丸治療頸動脈粥樣硬化的物質基礎和作用機制
　　建立復方成分網絡、成分-靶點網絡和靶點相互作用網絡，在此基礎上構建復方丹參滴丸二階異質網絡模型。采用Cytoscape中clusterMaker插件，用Girvan-Newman算法對異質網絡進行網絡結構分析，并通過計算各模塊的Modularity measure和Ratio ofpreserved CPIs篩選關鍵模塊，最后對其中的藥理單位進行GO注

7、釋和KEGG通路分析。結果顯示：模式分析得出6個主要成分，5個關鍵網絡，進一步分析網絡的結果初步揭示了復方丹參滴丸治療頸動脈粥樣硬化的物質基礎和作用機制，結果得到研究報道的驗證。
　　3.總結與展望
　　結合兩部分的研究結果分析后發(fā)現(xiàn)，在36個可能參與逆轉調控頸動脈粥樣硬化復方成分中，有Saloilenone、Danshenol A、DanshenolB、Cryptotanshinone、TanshinoneⅥ、Tanshi

8、noneⅡA、Protocatechuic acid和Salvianolicacid a八個成分在模塊1和模塊3中。而且，在復方成分干預通路分析中發(fā)現(xiàn)有五個成分在圖中，其中Cryptotanshinone、TanshinoneⅥ、TanshinoneⅡA、Protocatechuic acid在模塊1，Salvianolic acid a在模塊3中。通過文獻驗證發(fā)現(xiàn)，除Protocatechuic acid外，其余成分均為丹參主要有效成