1、細胞膜(質膜)蛋白質承擔運輸、通訊、防御等功能，是許多藥物的作用靶標。細胞質膜蛋白質組研究正成為蛋白質組學的研究熱點，這方面的研究可為藥物研發(fā)、疾病診斷提供標記蛋白質。膜蛋白，特別是整合膜蛋白具有低豐度、難溶、等電點時易沉淀及難酶解等特點，一直是蛋白質組學研究的難點。本研究在方法學上提供了提高質膜整合膜蛋白鑒定率的新思路，共分為兩部分： 第一部分：我們將過甲酸氧化技術(PAOT)與質膜膜上順序酶解相結合。通過甲硫氨酸和半胱氨酸

2、的氧化改變蛋白質和肽段的疏水性，從而明顯增加剪切效率以及對疏水性跨膜區(qū)的檢測能力。同時，我們以人類CNE1細胞系為材料，比較了PAOT與另外一種優(yōu)化好的胰蛋白酶/胰凝乳蛋白酶酶解方法，發(fā)現(xiàn)PAOT鑒定到的整合膜蛋白是胰蛋白酶/胰凝乳蛋白酶酶解的2倍，并且這些整合膜蛋白的疏水值大部分都為正值。 第二部分：我們發(fā)展了一種在去垢劑不存在的條件下消化蛋白質親水性區(qū)域的方法。首先采用高鹽、高pH以及尿素順序洗脫膜片以去除膜片上的非膜分子

3、，將膜片進行熱變性后懸于50 mM NH4HCO3溶液中進行胰蛋白酶膜上酶解，得到的不含尿素或其他污染物的肽段通過2DLC-MS/MS進行分析。采用這種方法，我們在大鼠大腦皮層質膜中鑒定到了327個蛋白，其中143個(44％)為整合膜蛋白。我們將此方法與SDC，methanol，urea，Triton X-114，ACN輔助酶解及Tube Gel，SDS-PAGE酶解做了比較，發(fā)現(xiàn)在“shot gun”方法中，采用熱變性結合NH4HCO