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文檔簡介
1、目的:分析miR-200c在乳腺細胞株及乳腺病變組織中的表達;篩選miR-200c調控的基因網(wǎng)絡與信號通路。
方法:實時熒光定量RT-PCR方法檢測12個乳腺細胞株中miR-200c的表達;原位雜交方法分析miR-200c在不同乳腺疾病中的表達;mRNA表達譜生物芯片與生物信息學軟件對miR-200cmimic轉染的4個乳腺癌細胞株mRNA表達芯片數(shù)據(jù)進行分析,篩選差異表達基因及其相關信號通路;免疫組化驗證miR-200c預測
2、靶點EDNRA在乳腺疾病組織芯片中的表達。
結果:⑴實時熒光定量RT-PCR結果顯示,4個高度惡性乳腺癌細胞株(BT549、HS578T、MDA-MB-231、SUM159PT)中miR-200c的表達較6個低度惡性細胞株(BT474、MCF7、MDA-MB-468、SKBR3、T-47D、ZR-75-1)和永生化正常乳腺上皮細胞株(MCF10A、MCF12A)中為低(p<0.01)。⑵乳腺疾病組織芯片原位雜交結果顯示,36例
3、正常與良性乳腺病變中,27例表達陽性;36例乳腺癌中,18例表達陽性。miR-200c的表達在正常、良性乳腺病變組織中的表達明顯高于乳腺癌(p=0.028)。⑶mRNA表達譜芯片分析結果顯示,與mimic control轉染組比較,miR-200cmimic轉染的BT549、HS578T、MDA-MB-231和SUM159PT細胞株中分別有1160、1731、1579和1630個基因表達下調(倍數(shù)值<-1.25)。任意3個轉染細胞株中的
4、共下調基因與5個miRNA調控靶點分析系統(tǒng)(TargetScan6.2、miRDB、PicTar、microrna.org和DIANA LAB)預測的miR-200c調控基因綜合比較,獲得45個交集基因。⑷生物信息學分析顯示45個差異表達基因相關信號通路包括G13信號通路、突觸傳遞(synaptic transmission)信號通路、神經(jīng)沖動傳遞(transmission ofnerve impulse)信號通路、轉錄負調控(nega
5、tive regulation of transcription)信號通路和細胞內代謝負調控(negative regulation of cellular metabolism)信號通路等;不同的信號通路可以通過共調基因相互聯(lián)系;在特定的信號通路中,共調基因間也存在密切的相互聯(lián)系。⑸miR-200c預測靶蛋白EDNRA免疫組化分析顯示,36例乳腺癌標本中17例表達陽性(47.22%),明顯高于癌旁正常組織與良性乳腺病變中EDNRA的陽
6、性表達(16.67%),其表達量與乳腺病變惡性度相關(p=0.005)。部分組織切片的EDNRA免疫組化與原位雜交結果相互比較,發(fā)現(xiàn)EDNRA的表達與miR-200c的表達相反,提示EDNRA可能是miR-200c的調控靶點。
結論:①相較于正常、低度惡性細胞株,miR-200c的表達在高度惡性乳腺癌細胞株中明顯下調。②miRNA原位雜交方法在組織標本上的應用,能定性并半定量反映miRNA的表達情況。乳腺疾病組織芯片的miR-
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